無土栽培對病蟲防治，除選用抗病品種及種子消毒外，可培育壯苗，降低濕度，通風換氣，采用生物藥劑和化學藥劑相結合的綜合防治技術措施，多種藥劑交替使用，效果顯著，藥效較高。
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1、無土栽培對于根部以上的病蟲害，一般是采用防蟲網和陽光板隔離、物理滅殺（黃板、藍板沾蟲，燈光誘捕）、電功能水滅殺和生物誘殺等方法。
2、對于根部以下的病蟲害一般是采用更換營養液和紫外燈光滅殺的方式，設備、部件可用0.2%的高錳酸鉀溶液浸泡消毒。
3、無土栽培的基質培，每種完兩茬、三茬后的處理方法：隔離，也就是建溫室，加防蟲網，把病害蟲害完完全全地隔離開來；物理除蟲，對于鉆進溫室的蟲子，利用蟲子趨黃光、藍光的特性，在溫室內多處懸掛黃板、藍板，用不干膠粘蟲子；用生物誘導，利用昆蟲喜歡的氣味吸引害蟲自投羅網，或被高壓電死或被淹死；采用電功能水（一種較強酸性卻絕對無毒的水）殺蟲滅菌；采用蟲子不吃的轉基因品種。以上這些方法都不存在任何毒性殘留，除了第五種方式以外，前面四種是有機農業、綠色農業防治病蟲害的標準配置方式。
4、水培和氣霧培，在實際操作中流動的營養液都是要經過滅菌殺毒裝置的。
5、自家陽臺水培，靜止水培用完一茬剩下的殘液含營養成分很淡了，就全部用來澆花澆菜了。管道無土水培在換茬以后可以在營養液儲存槽內放置一盞紫外光殺菌燈達到消毒滅菌的作用，兩茬、三茬后，一般將管道和槽內的營養液全部換出來，用來澆花澆菜即可。管道用高錳酸鉀溶液浸泡消毒。