病蟲害以預防為主，不是簡單的來到前或發病后打藥的問題，而是一個綜合防治的過程，是結合環境調控、物理防治、化學防治的過程。
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1、目前種子消毒的方法有很多，普遍采用的是溫湯侵種（取種子體積5倍的55℃溫水，把干種子用紗布包上或直接投入溫水中，不斷攪拌使水溫自然降至室溫）和磷酸三鈉浸種（把溫湯處理后的種子轉入20%的磷酸三鈉溶液中浸泡10～20分鐘，取出用清水沖洗干凈）
2、前者主要起到殺滅真菌病害和蟲卵的作用，后者主要起到殺滅病毒的作用。如蟲害的防治首先溫室需要有防蟲設施――防蟲網，在蟲子少量發生的時候就需要進行化學防治，打殺蟲效果好殘留低的農藥，打藥的同時還可以使用黃板、藍板誘殺等。
3、病害的防治也是一樣，首先應從作物生長的環境調控入手，很多病害的發生都是因為高濕引起的，因此應該盡量使溫室的濕度保持在相對較低的水平，如出現連陰雨天或外界溫度太低而使溫室內濕度增大時，就需要用硫磺薰蒸器或煙薰劑薰蒸的辦法來預防病害的發生。
4、最好不要用噴霧的方法進行防治，因為噴霧會進一步增大濕度。當然在平時發現某種病害已有少量發生，首先弄清楚它是什么病害，其最適宜的發病條件是什么，如果分析出它會進一步發展，這時可以選用高效低毒的特效農藥進行防治。
如果溫室環境條件不適于其發展，可以不進行噴治，密切注意其發展，防止出現亂打藥的情況。