大棚無土栽培茄果類易發的病害有晚疫病、病毒病，葉霉病、灰霉病；蟲害有白粉虱。
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1、晚疫病：可使用70%百菌清可濕性粉劑或25%嘧菌酯懸浮劑進行預防，發現中心病株后及時噴藥防治。可使用72%霜脲·錳鋅可濕性粉劑、或50%烯酰嗎啉可濕性粉劑、或25%嘧菌酯懸浮劑按說明使用，間隔7~10d 噴藥1次，連噴2 次。
2、病毒病：主要表現為病葉和病果皺縮，植株生長緩慢，結果小，果實僵化。防治病毒病首先要選擇抗病品種，其次要重點做好蚜蟲、粉虱、薊馬的防控，減少傳播。發現中心病株及時拔除。發病初期噴施0.5%菇類蛋白多糖水劑、或20%鹽酸嗎啉胍可濕性粉劑、或20%嗎胍·乙酸銅可濕性粉劑等。間隔7~10d 噴藥1 次，連噴2~3 次。
3、葉霉病：預防葉霉病要加強通風排濕，減少葉面結露，發現病株及時全棚防治。可使用70%百菌清可濕性粉劑、或25%嘧菌酯懸浮劑、或10%苯醚甲環唑水分散粒劑、或2%春雷霉素水劑等按用量葉面噴施。間隔7~10d 噴藥1次，連噴2~3 次。
4、灰霉病：重點要降低棚內濕度，藥劑處理后待菌絲消失再摘除病葉、病果，避免人為傳播交叉染病。也可采取變溫處理進行生態防控。藥劑除了選擇15%腐霉利煙劑熏棚，也可使用70%嘧霉胺水分散粒劑、或65%甲硫·乙霉威可濕性粉劑、或42.8%氟菌·肟菌酯懸浮劑等按用量葉面噴施。間隔7~10d 噴藥1 次，連噴2~3 次。
5、白粉虱：黃板誘殺，可使用60%清棚煙劑熏棚，或使用10%吡蟲啉可濕性粉劑、25%噻蟲嗪水分散粒劑、或22.4%螺蟲乙酯懸浮劑等按用量葉面噴施，視發生程度，連噴2~3 次。