采用無土栽培發生的主要傳染病害有白粉病、腐霉菌、疫霉菌根腐病、白粉病、霜霉病、蔓枯病、蔓割病、菌核病、病毒病等。非傳染病害主要是無土栽培管理跟不上，可能發生缺素癥。防治無土栽培時發生的病害，應貫徹排除病害、避開病害及利用病害三原則。
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1、種子消毒：種子可利用干熱滅菌，如70-72℃處理3天或用53-55℃溫湯浸種20-30分鐘或用次氯酸10-100 倍液浸種60分鐘，皆可清除種子上的病原菌。
2、營養液槽和工具消毒：用75%酒精或高錳酸鉀50-100倍液消毒營養液槽及工具，防止病原菌存活留下隱患。
3、棚室和設備的消毒：種植前，溫室、大棚內外要清除所有的植物殘體，地面鋪上潔凈的塑料薄膜隔離土壤。空間消毒可在大棚內均勻放置3-4 只大口瓶，倒入高錳酸鉀和甲醛，每立方米空間用高錳酸鉀4克、甲醛4克，大棚密閉24小時后通風，待藥劑揮發干凈后再種植。栽培設施和器具的消毒，可用中性次氯酸鈣1000倍液浸泡或流動沖洗1-2 天。消毒用過的殘液可排到溫室地面或周圍土壤作為環境消毒。設施器具消毒后，要用清潔的水沖洗掉殘液，以防藥害。
4、營養液的消毒：營養液可采用物理、化學或殺菌劑處理等方法進行消毒殺菌。物理方法主要有過濾、紫外線滅菌、超聲波處理、巴氏德滅菌等；化學方法主要有臭氧處理、表面活性劑及農藥等。
5、操作人員的清潔衛生：操作人員進出大棚或溫室時，要先在門口的消毒槽中浸有消毒液的泡沫墊上踩一踩。選用84消毒液或0.3%漂白粉，消毒液至少每周添加一次，同時還要告誡有關人員不能在水池中用營養液洗手等。