連作障礙不僅僅是病蟲害的積累問題，土壤、基質、營養液的鹽漬化，作物根系分泌物、脫落物的積累以及養分不平衡都屬于連作障礙的范疇。
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1、基質栽培比水培的這種變化速率，作物所表現的受障礙程度要緩慢和輕微。這是因基質環境相對于純水培環境來說，其緩沖性要好得多。
2、水培環境下，營養液定期更換，其有害物質積累和養分不平衡問題會有所緩解。一般在夏季高溫季節和作物生長的中后期，這種分泌物和脫落物的積累會迅速遞增，水培環境下如果液溫超過28℃，根系密度過高時，根系呼吸消耗大量溶解氧而造成局部供養不足時，植物根系表皮細胞就會死亡而腐爛，同時排泄物迅速增加，這種積累造成的障礙程度會迅速惡化，造成更大范圍根系的毒害而死亡。根系死亡后微生物寄生分解過程又會進一步惡化根系周圍的微環境，較粗的根系也逐漸受害死亡。
3、在水培實踐中，我們會經常發現根系死亡腐爛現象，輕則是局部的，重則是整個栽培系統的根系受害而腐爛。這種情況在高溫高濕的夏季，同樣也會在透氣性不好的基質栽培中發生，只是我們不易直接覺察而已。
傳染性病蟲害一旦不慎侵入無土栽培系統，如果是營養液循環的無土栽培模式，則病蟲害會在短期內迅速感染整個栽培系統，如果營養液不采用循環而直接排放，這種受害就比較容易控制。所以，對于營養液循環利用的無土栽培系統來說，除了要做好環境保潔和操作規范以外，對育苗環境和育苗環節的操作同樣也不能忽視。對于栽培過程中已經受污染的營養液，除了需要進行消毒滅菌才能從新利用，減緩受感染的速率外，沒有更有效的辦法來控制其不發展。
建議從事設施栽培的生產企業與專業人員，要通過工程防護手段和從操作管理環節入手，從源頭上來杜絕病蟲害入侵栽培系統，才能保證無土栽培蔬菜的健康生長，達到減少農藥使用，提高蔬菜產品安全性的目的，這也是今后設施栽培和工廠化農業的努力目標之一