栽培所用的石礫以花崗巖碎石最為理想，粒徑在5～15mm,要求質硬而未風化，棱角較鈍，不會因為摩擦對植株的根頸部造成傷害。盡量不選用石灰性的石礫，因為石灰質石礫中的CaCO3能與營養液中的不溶性磷酸鹽作用，生成不溶性的Ca3(PO4)2和CaHPO4，嚴重降低營養液中有效磷的濃度。采用石灰性石礫時，要作專門的處理。可用濃度為0.5～5.0g/l的重過磷酸鈣溶液浸泡石礫數小時，定時測定浸泡液中水溶磷的濃度，開始時會不斷降低，當降到P10mg/l以下時，需將舊浸泡液排去，換上新的，再浸泡、測定，直至浸泡液的水溶磷含量穩定在P30mg/l和pH6.8左右時，將浸泡液排去，用清水清洗數次，即可使用。此時石礫的顆粒表面包上一層不溶性磷酸三鈣，抑制了碳酸鈣的溶出。當經過多次使用，石礫表層的磷酸三鈣層被磨損掉，碳酸鈣重新暴露再起作用時，應重新浸泡處理。
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即使選用非石灰性的石礫具有一定的置換、吸附、溶出多種離子的性質，如果使用前不進行處理會干擾營養液的穩定，引起作物缺素癥的發生。處理方法是將石礫用清水洗凈，首先除去混入的腐殖質和粘土，然后用營養液浸漬循環多次，并測定流出的營養液中的P、K、Ca、Mg、Fe、pH等的變化，如變化較大，則要再換新的營養液循環，直至營養液的組成趨于穩定時才可使用。