對于組培植物、扦插、嫁接、播種等特殊階段，還是要做好各種消毒滅菌的準備。
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1、基質的更換
用無土栽培基質的時候，需要每隔1-2年完全更換一次基質。因長期的化肥灌溉會造成基質中鹽分的堆積，造成板結和鹽堿化，基質的PH值會逐漸向堿性方向發展，最終對植物生長造成影響。同時泥炭中的孔隙會越來越多，水分難以滲透。
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更換下來的基質完全可以反復使用，可以采用水洗的方式對所含積累鹽分進行清洗。之后可和新基質混合使用。
2、基質的滅菌，細菌分有益菌和致病菌
首先要知道細菌無處不在，不管是有機肥還是土壤中的養分，都是細菌在不斷分解“食物”后產生的，因此沒有細菌就沒有植物的養分。
真菌。是靠寄生在植物身上靠吃植物養分來生長繁殖的另一種生物。
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對于前者，只要不是播種、育苗等特殊時段，健康的植物基質不必經常進行殺菌消毒，這個過程同時也破壞了基質中正常的微生態環境，對植物生長有害無利。
對于后者，真菌通過孢子繁殖，人呼吸的每一口空氣都含有無數的各種真菌孢子，但是不必害怕。他們的生長繁殖必須要有合適的環境才能實現，這就是“陰暗、潮濕、適宜的溫度和相對靜止的空氣流動”，因此要處理好真菌侵害，將植物放置在健康的環境—通風、光照良好，自然能得到有效的抑制。
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