無土栽培中病害與露地或普通設施栽培所發生的病害稍有不同。無土栽培病害發生的特點：
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一是由種子或種苗傳播病害。
經種子傳播的病害有真菌病害、細菌性病害、病毒病害三類。在真菌病害中有許多蔬菜種子在成熟過程中被真菌侵入而染病，成為由種子傳播的病害；還有一些是在種子采收過程中，由于種子或種皮受到污染，就會把病菌傳入營養液里通過營養液的循環造成二次污染。
二是由空氣或設施內地表污染傳播病害。
許多真菌或細菌病害常借氣流及土表的污染進入營養液而傳病，如甜瓜、黃瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子隨氣流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借設施的污染或塵土飄浮至植株表面而致病。
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三是借水污染傳播病害。
無土栽培中營養液的水源為地下水，病菌容易在水源輸送過程中進入營養液，如番茄青枯病及白菜類、甘藍類蔬菜軟腐病。
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四是工具傳播病害。
如茄果類、瓜類的病毒病、細菌性病害，常通過整枝、打杈、綁蔓、采收過程中工具或手傳播。
五是使用污染的營養液或營養池也能傳病。