配制營養液的水質會或多或少的影響到營養液的組成和營養液中某些養分的有效性，有時甚至影響到作物的生長。因此，在進行無土栽培生產之前，要先對當地的水質進行分析檢驗，以確定所選用的水源是否適宜。
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1：無土栽培營養液的水質要求
無土栽培營養液的水質要求的主要指標如下：水中的鈣鹽主要是重碳酸鈣，硫酸鈣，氯化鈣，和硫酸鈣，而鎂鹽主要為氯化鎂，硫酸鎂，重碳酸鎂和碳酸鎂等。
2：無土栽培營養液的酸堿度范圍如下
無土栽培營養液的酸堿度范圍較廣PH5.5~8.5之間的水均可使用。
懸浮物≤10mg/L。若利用河水、水庫水要經過澄清后才可使用。
氯化鈉含量≤200mg/L，但不同作物不同生育時期要求不同。
溶解氧無嚴格要求，最好是在未使用之前≥3mg02/L。
3：無土栽培的水源選擇
無土栽培生產中常用自來水和井水作為水源，有些地方還可以通過收集溫室或大棚屋面的雨水來作為水源。
不管采用何種水源，水土栽培要求有足夠的水量供配制營養液使用，尤其夏天不能缺水。例如，番茄在生長旺盛期，據測定每株每天耗水1-1.5L，因此無土栽培的用水量是相當大的。一般而言，如果當地的年降水量超過1000mm以上，則通過收集雨水可以完全滿足無土栽培生產的需要。