番茄樹栽培設施結構主要包括營養液池、供液系統、回流系統、控制系統、支撐設施等5個方面。
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1.營養液池用于配制和貯存營養液。可選用磚和水泥砌成地下式栽培池，或用塑料桶置于地上或埋入地下，要求密閉性好，不漏水。
2.供液系統是供給植物營養液的配套設施。營養液池中要裝有潛水泵(水泵)，潛水泵和電源之間用定時器連接，以便定時供給營養液，潛水泵應選擇耐腐耐用的雙相或三相潛水泵，泵的功率大小、流量大小、揚程高低依據栽培面積來定，泵的啟動由定時器控制。
3.流系統用于將植物吸收營養液剩余的部分回流到營養液池中。主要由回流槽和回流管組成。回流槽可選用塑料槽或PVC管加工而成，而回液管可用直徑50mm的PVC管配裝而成。回流口和回流槽的安裝要有一定斜度，便于營養液回流暢通。
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4.系統主要由供液定時控制器和營養液EC儀、pH儀和液溫的檢測和調控裝置構成。目前生產上只采用供液定時控制器，而營養液EC值、PH值和液溫的檢測由人工來完成，這樣可以降低設施成本。
5.撐設施番茄樹為草本植物，莖蔓不能直立生長，因此需用栽培架結合絲線牽引，直到形成理想株形。