無機基質主要是指一些天然礦物或其經高溫等處理后的產物作為無土栽培的基質，如沙、礫石、陶粒、蛭石、巖棉、珍珠巖等。它們的化學性質較為穩定，通常具有較低的鹽基交換量，其蓄肥能力較差。
有機基質則主要是一些含C、H的有機生物殘體及其衍生物構成的栽培基質，如草炭、椰糠、樹皮、木屑、菌渣等。有機基質的化學性質常常不太穩定，它們通常有較高的鹽基交換量，蓄肥能力相對較強。
一般說來，由無機礦物構成的基質，如沙、礫石等的化學穩定性較強，不會產生影響平衡的物質；有機基質如泥炭、鋸末、稻殼等的化學組成復雜，對營養液的影響較大。
鋸末和新鮮稻殼含有易為微生物分解的物質，如碳水化合物等，使用初期會由于微生物的活動，發生生物化學反應，影響營養液的平衡，引起氮素嚴重缺乏，有時還會產生有機酸、酚類等有毒物質，因此用有機物作基質時，必須先堆制發酵，使其形成穩定的腐殖質，并降解有害物質，才能用于栽培。此外，有機基質具有高的鹽基交換量，故緩沖能力比無機基質強，可抵抗養分淋洗和pH過度升降。