防治無土栽培時發生的病害，應貫徹排除病害、避開病害及利用病害三原則。
一是種子消毒。種子可利用干熱滅菌，如70~72℃處理3天或用 53~55℃溫湯浸種20~30分鐘或用次氯酸10~100倍液浸種60分鐘，皆可清除種子上的病原菌。
二是營養液槽和工具消毒。用75%酒精或高錳酸鉀 50~100倍液消毒營養液槽及工具，防止病原菌存活留下隱患。
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三是棚室和設備的消毒。種植前，溫室、大棚內外要清除所有的植物殘體，地面鋪上潔凈的塑料薄膜隔離土壤。空間消毒可在大棚內均勻放置3~4只大口瓶，倒入高錳酸鉀和甲醛，每立方米空間用高錳酸鉀4克、甲醛4克，大棚密閉24小時后通風，待藥劑揮發干凈后再種植。栽培設施和器具的消毒，可用中性次氯酸鈣1 000倍液浸泡或流動沖洗1~2天。消毒用過的殘液可排到溫室地面或周圍土壤作為環境消毒。設施器具消毒后，要用清潔的水沖洗掉殘液，以防藥害。
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四是營養液的消毒。營養液可采用物理、化學或殺菌劑處理等方法進行消毒殺菌。物理方法主要有過濾、紫外線滅菌、超聲波處理、巴氏德滅菌等;化學方法主要有臭氧處理、表面活性劑及農藥等。
五是操作人員的清潔衛生。操作人員進出大棚或溫室時，要先在門口的消毒槽中浸有消毒液的泡沫墊上踩一踩。選用84消毒液或 0.3%漂白粉，消毒液至少每周添加一次，同時還要告誡有關人員不能在水池中用營養液洗手等。