瓜類作物在無土栽培中占很大比重，要取得較高的產量和良好的經濟效益，采用合理的整枝留果技術，使植物達到最佳的采光與合理的營養分配十分重要。而不同的瓜類整枝留果的技術也不同。小黃瓜是以側蔓結果的類型，商品瓜的質量一般為40～60g，因此，小黃瓜一定要留側枝。
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具體方法：
分3步進行：首先，在苗期，小黃瓜先采取單蔓整枝，直至第10節以后，開始留側枝，其側枝發生率較高，可連續保留，也可每隔1節留1個側枝，連續留4個側枝，一般到第16節位左右，16節位以上的又進行單蔓整枝，主枝結果。側蔓的生長與結果，使主蔓的生長相對較慢，因此主蔓不打頂。側蔓要進行打頂，當側枝芽有2-3片葉（一般20～30cm長），一個側枝上有2-3個雌花時，抹去頂芽，當果實達商品性狀時，及時采收。
在10-16節位的側瓜采收完以后，小黃瓜的第一批盛果期結束，此期則要促進回頭側芽的萌發，進行第2步的整枝。將10-16節的側枝剪除，同時去除底部3片老葉；此時，第3節位左右以上的腋芽也陸續萌出，保留第10節以下的側芽與側瓜，這些芽的節位較短，5cm左右即有1-2片葉，2-3個雌花，進行打頂，一般可以留4-7個節位的瓜，這些瓜使小黃瓜的采收達第二個高峰。
當采收完第10節位以下側芽所結的瓜，進入了第3步的整枝。剪除底部8～12片老葉，將主蔓進行打頂，在第10節尤其是16節以上的節位，于未萌發過側枝的節上選留2-3個側芽，不打頂，促使第3批瓜的產生。第3批瓜一般每個側枝可采收6條瓜以上，采收完第3批瓜，小黃瓜的生育期也就結束了。