無土栽培不同于一般的土壤栽培，為控制各種病害，對每個生產環節都有很嚴格的要求。在日本出售的種子都經過藥劑處理，播種用的土壤也都是無菌育苗土，盆缽用次氯酸鈉或次氯酸鈣浸泡10～20分鐘。播種時把育苗土裝入盆缽中，種子均勻地播在土表，然后上面覆少許土壤，用水噴至濕透。以后每天噴水1～2次，在25～28℃條件下，3天就可以出苗。
2．出苗與移栽
當幼苗的2片子葉剛張開時就應及時移栽到無土栽培專用的纖維墊子上去。在一般情況下苗越小越好，因為苗大根系相對就發達，移苗時容易損傷根系，造成生長不一致。一般在幼苗只有一條主根時移栽最好，這樣以后生長就比較整齊一致。移苗一般在傍晚時分為好，在移苗后3天內給予適當的遮光降溫保濕處理，避免失水過多引起生長不良，甚至萎蔫死亡。開始時水分供給以噴霧為主，當幼苗葉片轉綠能獨立生長時，在早晨要施適量的營養液，濃度控制在Ed0.8左右，當白天最高溫度超過30℃時，濃度應適當降低，并結合噴水，保持水分充足。天氣較涼時，濃度可以適當提高。在施營養液時，應盡量避免與葉片接觸，以免營養液引起葉片斑點或燒焦現象，而影響生長。
3．定植
當有30%的植株達到開花時就可以定植，在定植之前必須對大棚進行消毒。定植方法：把育苗墊均勻地放在番茄無土栽培的專用培地上，培地主要由纖維制成，松軟，吸水性強，透性好，一般定植的株距為20厘米，行距為2米，秋季栽培株距為22.5厘米，行距為2米，有利于農事操作。
4．整枝
春季栽培的番茄都采用單蔓留枝，在空間分布上隔株分向一個方向，以利用空間。當苗小時應全部剪去側枝，視長勢和天氣情況決定側蔓的留除。在晴朗少云天氣炎熱時，可以適當留一些頂部的側枝，下部的側枝一般全部不要。但當天氣連續陰雨時，側枝應適當減少或不留，以防營養生長過旺。一般7～10天整枝一次。在番茄植株長到7～8張葉時就可以開始留果。天氣熱時應適當延遲，留果早則果實小。日本市民對農產品的品質與外型很講究，為使果實生長一致，營養均分，果型漂亮，一檔花序一般留果3～4個，其中最先開的與最后開的花都不要，中間開花較一致的才作為留果對象。
5．養分與水分管理
跟其它作物相比，番茄對營養的需求量不是很多，苗小時，氮肥要少。按照番茄的生長特點早期以生長稍微差一點，苗細弱一點為好。如果早期生長過快，使莖蔓增粗，開花提早，上一段花序與下一段花序之間的距離縮短，中后期營養生長緩慢，易出現早衰；如果早期營養條件稍差，開花結果時適時適量逐步增加營養水平，使營養生長與生殖生長協調，花序與花序控制在3檔葉之間，則番茄結果期長，果實均勻。供給的營養應以55%供營養生長，45%供生殖生長為好。培地中，保持30%～50%的氣相與50%～60%的液相比例，既能滿足番茄的營養需求又能促進根系生長，則產量較高。每10天左右要清理一次缽內的培養液，因為時間長以后，營養液在培地表面形成的鹽類集結物和番茄根系生理活動產生的各種有毒代謝物質，都不利于番茄的正常生長，必須進行沖洗，以消除這些不利因素。
6．溫度管理
番茄的生長最適溫度為25～30℃時，就應及時進行通風排氣。通風排氣一般宜在大棚上部進行。隨著熱空氣的排出，可以把一些病菌帶到棚外，以減少棚內的菌源。
7．病蟲害防治
番茄一生中主要病害有疫病、青枯病、裂果等。除選用抗病品種與藥劑防治外，在栽培管理上應做到早發現，早防治，早清理。特別是一些通過維管束傳導的病害一經發現應及時清理出大棚，并用殺菌劑進行澆灌以減少病害傳染機會，同時應注意通風透光，提高番茄本身的抗病能力。