溫室內由于常年不間斷的進行作物栽培，病害防治難度較大，需要有叫多的經驗及較高的專業知識掌握，管理主要需要注意以下幾個方面。
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1、水培的種植槽及營養液循環系統要定期進行消毒，一般三至四個月就需要消毒一次，屆時需要將作物全部移除，用清水將栽培槽及營養液循環系統全部沖洗干凈，在使用百分之一的高錳酸鉀溶液循環消毒兩天，最后排出消毒液之后用清水沖洗整個系統。
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2、基質栽培每栽培完一茬，為了減少病害，就需要對基質進行消毒一次，消毒時使用甲醛一百倍液淋濕基質，之后使用薄膜將基質包好，四十八小時后打開薄膜，深翻基質，兩到三天后即可繼續使用。
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3、為保持最佳的觀賞效果，在選苗時同一品種要選擇長勢一致的幼苗進行栽培，如果某些作物生長過于旺盛，就需要及時進行修剪，避免影響觀賞性。藤蔓類的注意整枝，避免太密。
4、蔬果加引進歐洲頂級連棟智能溫室技術及韓國空中草莓栽培技術，集合自動化作業、智能化控制、工廠化生產、無土化培植、立體化種植等多重先進農業模式。
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5、利用無土栽培，使作物脫離土壤避免微生物污染，同時采用全封閉式防蟲膜技術，有效避免病蟲害，真正實現100%無農藥。